Ayətullahil-üzma Hacı Şeyx Məhəmməd Fazil Lənkərani aşağıda adları sadalanan bir sıra elmi əsərlərin sahibidir:
1- Ürvətul-vüsqa kitabına haşiyə;
2- Nəhayətut-təqrir (2 cilddə, ərəbcə);
3- Mühəqqiq Həmədaninin Təharət kitabına haşiyə (ərəbcə);
4- Kitabus-sovm (ərəbcə);
5- Kitabul-qəza (ərəbcə);
6- Əl-qəvaidul-fiqhiyyə (ərəbcə);
7- Təqriratul-üsul (İmam Xomeyninin dərsləri), (15 cilddə, ərəbcə);
8- Tovzihul-məsail;
9- Həmd surəsinin təfsiri (ərəbcə);
10- Peyğəmbərlərin isməti;
11- Əhli-beyt (ə), yaxud Təthir ayəsindəki parlaq simalar;
12- Pak imamlar, yaxud Qur`ani-kərimdə vəhy gözətçiləri; (Qeyd etmək lazımdır ki, 11 və 12-ci kitablar Ayətullah İşraqinin həmkarlığı ilə yazılmışdır);
13-Ayətullah Brucerdinin (r.ə) dərslərinin tədrisi (ərəbcə);
14-Ürvətul-vüsqa kitabının İctihad və təqlid bölməsinin şərhi (ərəbcə);
15-Əl-məsailul-müstəhdəsə (ərəbcə);
16-Həcc və ömrənin xələli (ərəbcə);
17-Əl-əhkamul-vazihə (ərəbcə fətvalar);
18-Əhkamul-həcc –Təhrirul-vəsilə kitabnın həcc bölməsinə haşiyə- (ərəbcə);
19-Tibyanul-üsul –İmam Xomeyninin (r.ə) dərslərinin təqriri (ərəbcə, 4 cilddə);
20-Fərağ və təcavüz haqqında risalə;
21-Xaric Üsul dərslərinin təqriri (8 cilddə);
22-Həcc əməlləri;
23-Barışdırıcı təqiyyə;
24-İmam Əlinin (ə) nəzərində ölkəyə rəhbərlik;
25-Məcməul-fəharis (Biharul-ənvar, Əl-qədir və Əl-mizan fi təfsiril-Qur`an kitablarının mündəricatı).